新鲜蜂蜜中羟甲基糠醛的含量很低, 在酸性条件下,贮藏或热加工处理可使还原糖、蔗糖、麦芽糖等转化为羟甲基糠醛, 使得羟甲基糠醛的含量升高。因此, 我国和欧盟均规定蜂蜜中羟甲基糠醛不超过 40 mg/kg。草原药花蜂蜜的羟甲基糠醛(HMF)为(8.53±1.44) mg/kg, 远远低于国家标准。重金属 Pb 通过环境污染途径进入蜂蜜中, 食品法典委员会规定食品中 Pb 含量不超过 0.3 mg/kg。受自然生态环境的影响, 饲养蜂蜜过程中抗菌类药物的种类和用量有增加的趋势, 国家卫生标准规定蜂蜜中四环素族抗生素残留量不超过 0.05 mg/kg。

蜜蜂在采蜜过程中, 可能从被喷洒过农药的植株上带回农药, 经过生物浓集作用, 蜂蜜中农药残留量比周围环境高很多。氟胺氰菊酯是防治蜂螨的拟除虫菊酯杀螨剂, 如果在采蜜期大量使用容易造成蜂蜜中残留, 欧盟规定蜂蜜中氟胺氰菊酯的最高残留限量为0.02 mg/kg。陈兰珍等在 2002 年, 检测了全国主要蜂蜜来源地中 10 个省、4 个直辖市, 共 124 个蜂蜜样品, 氟胺氰菊酯检出率为 5.6%, 而草原药花蜂蜜中铅、四环素族抗生素、乐果、氟胺氰菊酯均未检出。

蜂蜜微生物安全性指标中规定, 菌落总数不大于1000 cfu/g, 大肠菌群不大于 0.3 MPN/g, 嗜渗酵母计数不大于 200 cfu/g, 霉菌不大于 200 cfu/g, 而特殊要求的致病菌(沙门氏菌、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌)不得检出。草原药花蜂蜜的这几项指标均远远小于国家标准(见表 5)。草原药花蜂蜜的蜜源无污染,蜂蜜成熟度高, 水分含量低,这是药花蜂蜜有害化学物质含量低、微生物污染小的主要原因。